En l'an 2000, un an jour pour jour après l'éclipse totale de soleil que la France entière a admirée, le "Second Impact" provoque une catastrophe sans précédent: élévation du niveau des océans, perturbations climatiques, crashes économiques. Ce cataclysme, dû aux dires des autorités à la chute d'un astéroïde sur la Terre provoque la mort de la moitié de la population humaine.
Quinze ans plus tard, le monde commence à peine de se relever de cette catastrophe. Mais une nouvelle crise se déclenche quand de gigantesques robots de combat d'origine inconnue pénètrent sur le territoire du japon. Leur cible est principalement la nouvelle capitale, Tôkyô-3, une véritable ville forteresse. Les autorités l'auraient-elles prévu?
Pour parer à ces attaques, la NERV, organisation sous tutelle de l'ONU a pour but de développer une nouvelle arme permettant de battre ces monstres, surnommés "anges", insensibles aux armes traditionnelles. Le résultat de ces recherches, conduites par le commandant Gendô Ikari et le professeur Akagi Ritsuko, est l'Evangelion. Elle est l'ultime arme de combat humanoïde, destinée à protéger l'humanité.
En 2015, trois unités sont pratiquement opérationnelles. Des adolescents âgés de 14 ans ont été choisis comme pilotes pour leurs capacités de synchronisation avec l'Eva. A l'heure actuelle, ils ne sont que deux à ëtre opérationnels: Shinji Ikari, le propre fils du commandant suprême de la NERV, un être introverti, écorché et sans aucune confiance en lui, et Rei Ayanami, jeune fille au charisme troublant. Tous les espoirs du monde reposent sur les épaules de ces jeunes gens...
